Para remover arquivos ou pastas do sistema utilizando SSH, você precisa do comando: rm
a sintaxe do comando é muito simples, após fazer o login no PuTTY(ou qualquer outro programa de SSH) utilize o seguinte comando:
rm arquivo01.txt arquivo02.txt arquivo03.txt … etc..
Ou podemos usar o operador coringa (*), apagando tudo que tiver a extensão .txt, ficando assim:
rm *.txt
Para apagar uma pasta inteira de forma recursiva, utilize:
rm -rf nomedapasta/
Para apagar todos os arquivos e pastas do diretório atual, utilize:
rm -rf *
Obs: tome muito cuidado ao utilizar o comando rm, a ação é irreversível!